Na terenie parafii archikatedralnej znajduje się 9 kościołów lub kaplic duszpastersko aktywnych, które jednak nie są samodzielnymi parafiami i dlatego podlegają administracyjnie Bazylice Archikatedralnej. Te obiekty sakralne, kościoły są ogólnie określane jako rektorskie. Topograficznie znajdziemy je: przy Starym i Nowym Mieście, Krakowskim Przedmieściu, a także przy Pl. Teatralnym.

• kościół seminaryjny: pw. Wniebowzięcia NMP i św. Józefa Oblubieńca
  ul. Krakowskie Przedmieście 52/54; tel. 022 55 66 100
• kościół akademicki św. Anny
  ul. Krakowskie Przedmieście 68; tel. 022 826 89 91 www.swanna.waw.pl
• kościół Duszpasterstwa Środowisk Twórczych
  pl. Teatralny 18 tel. 022 829 00 16 www.dst.mkw.pl
• kaplica "Res Sacra Miser" pw. Niepokalanego Poczęcia NMP
  ul. Krakowskie Przedmieście 62; tel. 022 635 41 31
• kościół Ojców Jezuitów pw. Matki Bożej Łaskawej
  ul. Świętojanska 10; tel. 022 831 16 75
• kościół Ojców Kapucynów pw. Przemienienia Pańskiego
  ul. Miodowa 13; tel. 022 831 31 09
• kościół Ojców Paulinów pw. Świętego Ducha
  ul. Długa 3; tel. 022 635 62 52
• kościół sióstr Franciszkanek Służebnic Krzyża pw. św. Marcina
  ul. Piwna 9/11; tel. 022 831 02 21